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CORDEA blog

Programming及びFedora21等のLinux OSのことが多めです。

Rのパッケージ"rJava"をFedora 19にインストールする

R Fedora Linux

インストールの際にちょっと嵌った

checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

というエラーが出て、下のような文言で終了する。

パッケージ ‘rJava’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました

読んでみればどうやら以前Oracle JDKをインストールしたことが原因らしい。

というわけでunsetコマンドで変数定義を解除する。

# echo $JAVA_HOME
# unset JAVA_HOME
# echo $JAVA_HOME

# R
> install.packages("rJava")


使用中にエラーをはいても困るので、私の場合は設定していたPATHをコメント化しておきました。

# vi /etc/profile


profile

#export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.6.0_43
#export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin