インストールの際にちょっと嵌った
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
というエラーが出て、下のような文言で終了する。
パッケージ ‘rJava’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
読んでみればどうやら以前Oracle JDKをインストールしたことが原因らしい。
というわけでunsetコマンドで変数定義を解除する。
# echo $JAVA_HOME # unset JAVA_HOME # echo $JAVA_HOME # R > install.packages("rJava")
使用中にエラーをはいても困るので、私の場合は設定していたPATHをコメント化しておきました。
# vi /etc/profile
profile
#export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.6.0_43 #export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin