はじめに multifasta形式のファイルを投げるとGC含量を計算します。 ATGC以外の文字(Nとか) が入った場合の動作は保証していません。 動作確認にはNucleic and/or Amino Acid contentsを使用させていただきました。 2018/7/16 追記 今でもたまに参照されてい…

最近小ネタばっかりですがこんなファイルがあったとして 0,1,2,3,4,5,6,7,8,9 a,b,c,d,e,f,g,h,i,j このような感じで出力したい場合 0 1 2 3 4:5:6:7:8:9 a b c d e:f:g:h:i:j #!/bin/awk -f BEGIN { FS="," } { for(i=1; i<=NF; i++) { if (i>5) { if (i==N…

棒グラフや凡例の重なり順についてはStack Overflowにかかれていますが、Polar chartの重なり順については慣れていない人では少し戸惑うかもしれませんのでメモ。matplotlibにおける重なり順の指定にはzorderを使用します。こんな感じのものを作る時。 きち…

Wolfman Alphaのブログ記事を見ていたらふと円周率を使って何か作りたくなったのでmatplotlibを使って書いてみた。結果として出来たものはこんな感じ桁数に応じて距離が遠くなり、数字に応じて(0-9)円が大きくなります。 桁数が増えるほど円が大きくなるよう…

今回はpure pythonのDatabase、CodernityDBのご紹介です。 日本語の紹介も無さそうでしたので簡単に紹介させていただきます。 Documentationとして作成しようかと思ったんですがそこまで纏められなかったので... 間違っている部分などありましたらご指摘いた…

はじめに 今後同じようなことをしたときに忘れていそうなのでメモ。 今回は自分なりにやりやすい方法を選んだ結果、かなり環境を限定されるやり方となってしまいました。 やり方はいろいろあるので、このようなやり方もある、という程度で留め置いていただけ…

CentOS / FedoraはこちらDebianでやってたら過去に見たようなエラーが出たのですが解決したのでまとめ。 手順 出たエラーはこちら error: X11 not found but required, configure aborted. error: missing required header GL/gl.h以下をインストールしたら…

CentOSに7が出たということを知り、早速新しく買ったサーバーに入れてみたはいいもののyumからpipが入らない でもeasy-installは使いたくないというわけでyumからpipをinstallします。 Version CentOS Linux release 7.0.1406 (Core) 手順 wget http://ftp-s…

はじめに 見ていて面白そうだったので試験的にMEMORYストレージエンジンを使用してみました。MEMORYストレージエンジンはメモリ上にテーブルを作成するものです。 これにより、かなり処理が高速化されます。MySQLのインストールは終わっているものとして書い…

world_mill_enの座標を知りたかったけど公開してるサイトが見つからなかった。 いちいちローカルで作りなおすのも何なのでJSFiddleでShareしておきます。公式のReverse projectionとほぼ同じなのでオリジナリティはありませんが... http://jsfiddle.net/CORD…

はじめに 使い方といっても、他のドキュメントがしっかり書いてあったりするので、１からすべて説明するというものではありません。作者の方のサイトで説明を読んだけれど、実際にどう使ってわからない、といった方に向けて備忘録的に書いておきます。 あと…

はじめに RにしろPythonにしろ、書いているとうまい具合に行かないことがある。 一番思い通りに行く方法はやっぱり自分の手で1から書いてしまうことだと思います。 というわけでturtleモジュールで棒グラフを書いてみました。turtleモジュールを使ったことの…

Macで使っててかなり便利なのでFedora 19でも使おうとしてエラーが出たのでメモ。 以下のようなコマンドを実行するとエラーが出る。 s3cmd ls s3://example.bucket/files/ IOError: [Errno 13] Permission denied: '/usr/lib/python2.7/site-packages/stemmi…

はじめに 今回はGmailのバックアップのローカルにとっている間に思いついたメールデータの簡単な分析を行ってみます。 前準備 まずはGmailのデータをCSV形式でローカルに落としてきます。 Gmailから直接でも出来るかもしれませんが、今回はMozilla Thunderbi…

はじめに つい先日(前記事)にてFedora 20 LXDE Spinを導入いたしましたが、予想していたとはいえ流石にディスプレイ出力が出来ないというのは辛かったため最終的にDebian Wheezyを導入することにしました。Ubuntuも導入してみましたが正直しっくりこなかった…

はじめに 先日BeagleBone Black(以下BBB)を買いまして、普段RedHat系OSを使用している私はこれを機にFedora 20 LXDE Spinを入れてみました。なぜLXDE版なのかというと、デスクトップ版はBBBのスペック不足でGUI表示ができなかったからです。 デスクトップ版…

昨日起動した時、Google Chromeがインターネットに接続できない。 それならまだしも、ChromiumやFirefox、設定やRStudio、挙句の果てにはTerminalが起動しない。 この前アップデートしたのが原因かな？と思ってコンソールでいろいろやってたら無事解決したの…

はじめに この記事は 「EclipseとAndroid SDKはとりあえず入れられたが、Androidウィジェットの作成の仕方が分からない。」 「Androidアプリは作成経験があるが、ウィジェットは作成したことがない。」 といった方を対象に書いております。「Javaどころか、…

今週の一枚「部屋」 外に出ているとき以外はほぼこの机の前で過ごしています。 そろそろディスプレイも買い替え時かなぁと感じる今日この頃です。 画面はメインのPCで2枚、サブのPCで4枚に出力しています。

主にTuBeItAdBloCkFrについて。探してもあまり書いているサイトがなかったため、備忘録として書いておきます。 TuBeItAdBloCkFr SearchNewTab YoutubeAdblocker TuBeItAdBloCkFrはGoogle Chromeの場合「この拡張機能は管理されているため、削除や無効化は出…

はじめに PythonでTwitterにいる2ユーザーのTweetを取得し類似性スコアを算出した後、KivyでGUI化します。 開発に際しては、集合知プログラミング(ISBN:9784873113647)を参考にさせていただきました。Kivyは日本語を使用するのが少々面倒なため、今回は英語…

はじめに 今回はEclipseのPleiades pluginによる日本語化で少し詰まったのでメモ。使用するのは下に書く2つ。 Eclipse Standard 4.3.1 (Kepler) Pleiades 1.4.0 Pleiades All in Oneについては一切書かないのでそれについては別の記事を参考にしていただきた…

RStanのインストールが少しややこしいので書いておきます。この手順に従ってエラーがでる場合の対処を下に簡単に書いておきました。 始めに、この先のエラーを避けるなら、RStudioのインストール先にスペースが入っている方*1は別の場所にインストールし直し…

Rのパッケージ"rgl"インストール時に出たエラーだけども、他のパッケージインストールでも出ることがあるので、今回はパッケージを限定しないことにします。参考のサイトにそのまま書いてありますが、X Window System用のアプリケーション開発パッケージをグ…

まずはQtのダウンロードとインストール*1 # Cmakeをインストールしていない場合は # yum install cmake # yum install qt qt-devel qtwebkit-devel # wget http://download.qt-project.org/official_releases/qt/4.8/4.8.5/qt-everywhere-opensource-src-4.8…

インストールの際にちょっと嵌った checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this. ER…

Fedora 19にRのパッケージ"gmp"をインストールしようとすると、 gnu mp not found, or not 4.1.4 or up というエラーがでる。 要するにGNU MPのバージョンが古い。= 4.2.3">*1 なので、先にGNU MPのバージョンを新しくする必要があります。 # yum remove gmp…

最近Fedora19を使っていて 起動時にカーソルが表示されていない クリックやドラッグが上手く効かない というような問題がよく見られます。 起動時にはクリックもドラッグもできるが、突然効かなくなる。 先日マウスにビールをぶっかけたのでそのせいかとも思…